Atualmente, a PF está subordinada ao Ministério da Justiça e, por extensão, ao Poder Executivo, que tem poder de promover cortes orçamentários e impedir operações. Isso torna a PF vulnerável a interferências políticas de governantes de ocasião e a impede de combater o crime organizado e a
corrupção de forma mais efetiva.
Basicamente, a PEC 412/2009 é uma Lei Complementar que organizará a Polícia Federal e irá estabelecer normas para que a corporação tenha autonomia funcional, administrativa e orçamentária.